本系於民國九十五年八月經教育部核准後，開設亞太工商管理學系碩士班，每年招收學生十五名。為配合國家政策、產業政策與高雄大學的發展需要。展望二十一世紀，國與國之間的界線將越來越模糊，全球分工已成為企業生存的不二法門，任何個人甚至國家都無法阻擋此一趨勢。為迎接此一嶄新世紀的來臨，企業經營者必須調整狹隘 的地域概念，跨越國際，才能將企業推向全球市場的高峰。尤其在企業面臨外在激烈競爭必須尋求對外合作，以及當前產業外移日漸嚴重之際，亞太地區將成為國內企業對外考慮的投資重點。因此，研究亞太地區的產業發展和經貿特性， 培育相關管理與技術人才，有助於國內廠商向外投資或進行國際化。

        另外，為配合國家政策推動產業升級所需求之碩士級人才，結合企業、學校資源招募優秀學生進入本系就讀，培養國家政策重點產業所需人力，自101學年度起陸續開辦「101年度秋季─南臺灣中小企業跨業整合與服務開發產業碩士專班」、「102年度春季─電子商務服務創新產業碩士專班」、「103年度春季─創新育成與經營策略產業碩士專班」及「105年度秋季─製商整合服務規劃產業碩士專班」將學校教學研究與產業實務結合，學生畢業後可充分就業達到產學無縫接軌的政策目標。